1. Главная
  2. Библиотека
  3. Биология
  4. При секвенировании транскриптома корня гороха было полу...
Разбор задачи

При секвенировании транскриптома корня гороха было получено 2 миллиона прочтений. На ген А длиной картировались 15 прочтений. Оцените, уровень зкспрессии гена А (высокий, низкий, средний), если известно, что ген В длиной 4 kb , на который картировались

  • Предмет: Биология
  • Автор: Кэмп
  • #Генетика
  • #Молекулярная биология
При секвенировании транскриптома корня гороха было получено 2 миллиона прочтений. На ген А длиной картировались 15 прочтений. Оцените, уровень зкспрессии гена А (высокий, низкий, средний), если известно, что ген В длиной 4 kb , на который картировались

Условие:

При секвенировании транскриптома корня гороха было получено 2 миллиона прочтений. На ген А длиной 0,3 kb0,3 \mathrm{~kb} картировались 15 прочтений. Оцените, уровень зкспрессии гена А (высокий, низкий, средний), если известно, что ген В длиной 4 kb , на который картировались 200 прочтений, демонстрирует средний уровень экспрессии.

Решение:

Для оценки уровня экспрессии мы будем использовать стандартизированную метрику, которая учитывает как количество прочтений, отнесенных к гену, так и его длину. Наиболее распространенной метрикой является FPKM (Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads) или TPM (Transcripts Per Million), но для сравнения в рамках одной библиотеки достаточно использовать нормированное количество прочтений на килобазу (RPKM/FPKM без деления на миллионы прочтений, или просто относительную плотность прочтений).

1. Дано

  1. Общее количество прочтений (Total Reads, RtotalR_{total}):...

Внутри — полный разбор, аргументация, алгоритм решения, частые ошибки и как отвечать на каверзные вопросы препода, если спросит

Попробуй решить по шагам

Попробуй один шаг и продолжи в режиме обучения или посмотри готовое решение

Какой параметр наиболее точно отражает уровень экспрессии гена в данном контексте, учитывая его длину и количество картированных прочтений?

Что нужно знать по теме:

Что нужно знать по теме

Алгоритм решения

Топ 3 ошибок

Что спросит препод

Выбери предмет