1. Главная
  2. Библиотека
  3. Информационные технологии
  4. Подумайте, какие модификации можно сделать в алгоритме...
Разбор задачи

Подумайте, какие модификации можно сделать в алгоритме Нидлмана-Вунша, чтобы вместо глобального выравнивания, он осуществлял локальное. Требуется вывести максимальное значение функции оценки схожести. А теперь все то же самое, но вывести само выравнивание

  • Предмет: Информационные технологии
  • Автор: Кэмп
  • #Математическая логика и теория алгоритмов
  • #Алгоритмы и структуры данных
Подумайте, какие модификации можно сделать в алгоритме Нидлмана-Вунша, чтобы вместо глобального выравнивания, он осуществлял локальное. Требуется вывести максимальное значение функции оценки схожести. А теперь все то же самое, но вывести само выравнивание

Условие:

Подумайте, какие модификации можно сделать в алгоритме Нидлмана-Вунша, чтобы вместо глобального выравнивания, он осуществлял локальное.

Требуется вывести максимальное значение функции оценки схожести.

А теперь все то же самое, но вывести само выравнивание схожих участков.

При выводе выровненные участки выводятся так же, как и при глобальном выравнивании. Невыровненые "хвосты" пишутся вплотную к выворненным участкам в нижнем регистре.

Решение:

Модификации алгоритма Нидлмана-Вунша для локального выравнивания (Алгоритм Смита-Ватермана)

Алгоритм Нидлмана-Вунша (Needleman-Wunsch) предназначен для глобального выравнивания, то есть он пытается выровнять всю длину обеих последовательностей.

Алгоритм Смита-Ватермана (Smith-Waterman) — это модификация, предназначенная для локального выравнивания, то есть поиска наиболее схожих подпоследовательностей.

Основные модификации, которые необходимо внести в алгоритм Нидлмана-Вунша:

1. Инициализация матрицы (Initialization)

В алгоритме Нидлмана-Вунша первая строка и первый столбец...

Внутри — полный разбор, аргументация, алгоритм решения, частые ошибки и как отвечать на каверзные вопросы препода, если спросит

Попробуй решить по шагам

Попробуй один шаг и продолжи в режиме обучения или посмотри готовое решение

Какое ключевое изменение в алгоритме Смита-Ватермана позволяет ему находить локальные выравнивания, в отличие от глобального выравнивания в алгоритме Нидлмана-Вунша?

Что нужно знать по теме:

Что нужно знать по теме

Алгоритм решения

Топ 3 ошибок

Что спросит препод

Не нашел нужную задачу?

Воспользуйся поиском

Выбери предмет