Собрание акционеров ПАО «Метеор» является его главным управляющим звеном, на котором избирается Совет директоров и генеральный директор. В непосредственном подчинении у генерального директора находятся: главный инженер, заместитель директора по общим вопросам, заместитель директора по производству, главный бухгалтер, начальник отдела кадров. Под управление главного инженера попадают следующие подразделения и отделы: энерго-механический отдел (ЭМО), строительная группа (СГ), отдел технического контроля (ОТК), энергоблок (ЭБ), ремонтно-механический цех (РМЦ). Административно-хозяйственный отдел (АХО) и транспортный участок (ТУ) находятся в подчинении директора по общим вопросам. Заместитель директора по производству осуществляет руководство основными цехами производства (цех №1, цех №2, цех №3), конструкторским бюро (КБ), центральной заводской лабораторией (ЦЗЛ), отделом техники безопасности (ОТБ). Бухгалтерия и отдел кадров (ОК) возглавляются соответствующими руководителями. Вспомогательным производством является транспортный участок, ремонтномеханический цех, энергоблок, строительная группа.